Mattia Falconi

Bioinformatica Strutturale

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Bioinformatica Strutturale: risultati di apprendimento previsti.

Il corso ha come obiettivo quello di illustrare allo studente le caratteristiche strutturali e conformazionali delle macromolecole. In esso verranno trattati tutti i metodi per lo studio in silico degli aspetti strutturali e conformazionali delle macromolecole. Verranno introdotti i metodi per la ricostruzione della struttura e quelli per ricerca della similarità strutturale delle proteine. Verranno esposti i metodi per la progettazione di un farmaco in silico e quelli per la predizione dell’interazione tra le molecole. Infine verranno trattati i campi di forza, la meccanica e la dinamica molecolare classica e le tecniche per il campionamento conformazionale avanzato. Lo studente acquisirà, anche attraverso l’esecuzione di un cospicuo numero di esercitazioni, le capacità necessarie per manipolare, modificare e predire le strutture molecolari, allo scopo di essere in grado di progettare ed eseguire autonomamente un’indagine strutturale.

Bioinformatica Strutturale: programma del corso.

Caratteristiche conformazionali e strutturali di aminoacidi e nucleotidi, loro reattività e frequenza nelle proteine. Le interazioni deboli. Definizione dei principali domini strutturali. Rappresentazione grafica delle macromolecole. Metodi per la ricerca della similarità strutturale. Banche dati delle strutture di macromolecole. Predizione della struttura secondaria e terziaria delle proteine e dell’RNA. Modellazione per omologia, i modelli costruiti automaticamente, i metodi di threading. L’esperimento CASP, il docking molecolare ed il virtual screening, la meccanica molecolare, la dinamica molecolare, i metodi di campionamento conformazionale avanzato.

COMUNICAZIONE: Il file PDF della lezione viene caricato sul sito, di volta in volta, dopo la lezione.

Course Information

Estimated Time: 48 ore

Difficulty: Advanced

Categories:

Course Instructor

Mattia Falconi Mattia Falconi Author
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